El río San Juan de Matanzas nace en las lomas de Santa Ana, donde se le llama río Santa Ana. Después se une con el río San Pedro y es desde esa unión en adelante donde se le llama San Juan. Continúa su curso hacia el norte, uniéndosele el río San Agustín (también conocido por el Caunabaco) que proviene de los Arcos de Canasí, hasta atravesar la ciudad de Matanzas y después desembocar en la bahía próxima.

La ciudad de Matanzas es bañada por dos ríos, el San Juan y el Yumurí, los cuales dividen la ciudad en tres barrios. Entre los dos ríos se encuentra el barrio de Matanzas, al oeste y separado por el Yumurí se encuentra el barrio de Versalles y al este y separado por el San Juan se encuentra el barrio de Pueblo Nuevo.

Nota: Hay un río llamado San Juan en la provincia de Camaguey, desemboca en el municipio de Santa Cruz del Sur. También hay un río en la provincia de Las Villas, desemboca en el municipio de Trinidad, llamado San Juan.